Este fue uno de los primeros edificios de la primigenia “Puerto Bahía” fundada en 1.906 y aunque se indica el año 1918 como el de su construcción, la historia de la fundación de la ciudad nos indica con claridad que, junto con la residencia del Delegado del Territorio de Colonias, fue iniciada su construcción en 1.906 y que no pudieron ser concluidos en el primer intento del Tcnl. Enrique F. Cornejo.
La Aduana es, realmente, un inmueble histórico que es mantenido así, con su peculiar arquitectura, guardando la documentación de esos lejanos años, cuando la goma generaba impuestos suficientes como para que la Delegación del Territorio de Colonias pueda erogar todos sus gastos administrativos, militares, construcción y mantenimiento de caminos y todavía exista un considerable sobrante que era remitido al Tesoro General de la Nación, para que el gobierno central pudiera pagar los haberes mensuales de toda su frondosa burocracia nacional.