La Alcaldía Municipal de Cobija fue creada mediante ley de la República de 27 de septiembre de 1911, con el nombre original de “Junta Municipal de Cobija – Rio Acre” y el año siguiente, el 27 de octubre de 1912 es aprobada por primera vez su Ordenanza Municipal de Patentes e Impuestos. Inicialmente, la Junta Municipal de Cobija funciono en ambientes del Palacio de la Delegación y posteriormente funcionó en un edificio al frente de la que hoy es el actual edificio de la Alcaldía del Municipio de Cobija.
La construcción data de la segunda mitad de la década de los sesenta del siglo pasado. El edificio actual se construyó en terrenos donados por la familia Silva Vianna, el año 1966, en la Gestión del Alcalde Municipal Dr. Roberto Galindo, que luego fue remodelado, tal como se lo demuestra en la fotografía.